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Archivo de la categoría ‘Conoce el IMIM’

Publicado por El.lipse

Viernes, 20 Enero 2012

Conoce el IMIM

Simulaciones moleculares

En esta imagen de Ignacio Buch, del grupo de Biofísica Computacional del GRIB (IMIM / UPF), se observa una simulación de la unión de un fármaco a su proteína diana. La molécula hexagonal pequeña (benzamidina) representa el fármaco, en este caso un inhibidor de la tripsina, la molécula gris volumétrica de la imagen.

La tripsina es una enzima con la función de cortar proteínas. Cuando la benzamidina se une a la tripsina evita que otras proteínas se unan y, por tanto, que la tripsina las pueda cortar. Esta simulación
muestra cómo, para poder unirse e inhibir la tripsina, la benzamidina primero interacciona con varias regiones que le ayudan a encontrar su lugar final de unión.

Ser capaces de entender este camino que tiene que hacer la benzamidina, da pistas adicionales
a la hora de diseñar fármacos más eficientes.

Este artículo fue publicado en el diario Elipse, la publicación que se realiza en el PRBB con la colaboración de todos los centros que lo conforman.

Publicado por Reimund Ficker

Jueves, 29 Diciembre 2011

Conoce el IMIM

Patentes biomédicas

Una patente es un derecho exclusivo concedido por un Estado a un inventor por un período fijo de tiempo a cambio de la divulgación pública de su invención. Esto proporciona al inventor el derecho de excluir terceros de utilizar o vender la invención patentada durante 20 años a partir de la fecha presentación de la patente.

Las patentes deben cumplir tres requisitos: la invención debe ser nueva, debe haber supuesto una actividad inventiva y debe describir una aplicación técnica.

Los descubrimientos no son patentables, la invención debe ser un producto o proceso industrial creado por el inventor. A partir de la presentación de una patente, el contenido puede ser publicado en una revista científica, pero nunca antes. La patente se mantiene en secreto durante 18 meses y después se hace totalmente pública a través de bases de datos como ESPACENET.

Las patentes son caras. Los primeros 30 meses puede costar entre 10.000 y 15.000 euros, y las siguientes fases, de 25.000 a 30.000 euros, además de las cuotas anuales para mantener la protección. En el mundo académico las patentes son sobretodo de aplicaciones. Una patente puede ser otorgada como muy pronto en tres años, pero se puede tardar seis años en obtener la aprobación final.

En investigación, las base de datos de patentes proporcionan información útil. Pero la razón principal para patentar una innovación biomédica es permitir a una empresa privada el desarrollo de un medicamento. Esto puede costar hasta 800 millones de euros y tardar de 12 a 15 años. Por eso, las empresas quieren asegurarse que podrán vender el medicamento en exclusiva al menos durante cinco años.

El tiempo dirá si el sistema de patentes actual es adecuado para resolver los problemas de salud más urgentes en el mundo, pero, por ahora, si un científico inventa un nuevo medicamento, patentar podría ser la única solución para que algún día se aplique a la clínica.

Este artículo fue publicado en el diario Elipse, la publicación que se realiza en el PRBB con la colaboración de todos los centros que lo conforman.

Publicado por Marta Lopez

Jueves, 1 Diciembre 2011

Conoce el IMIM

Tendencias en la investigación biomédica: LA INNOVACIÓN

En la investigación, como en otros ámbitos de la sociedad, existen tendencias. Se puede pensar, erróneamente o no, que sólo son palabras que en un momento determinado se ponen de moda, pero seguramente es mucho más que eso.

¿Quién no recuerda cuando la palabra clave era la traslación? De hecho, la palabra se utilizará más o menos ahora, pero la idea sigue siendo válida. La biomedicina debe ser capaz de responder preguntas que se derivan de la práctica clínica combinando la investigación básica con la más clínica. Pero ahora se utiliza la etiqueta “from bench to bed”.

También hemos vivido la moda de los “omics“. No podía existir un proyecto en biomedicina que no incluyera la utilización de plataformas de genómica, proteómica o metabolómica. La tecnología avanza y los equipamientos cada vez son más potentes y parece lógico que se utilicen masivamente estas oportunidades. Sin embargo, habría quizás evaluar qué incidencia real han tenido o tienen estas técnicas para dar respuesta a los retos en este ámbito de la ciencia.

Actualmente, la Unión Europea está terminando de definir cuál será el programa de continuidad del 7 º Programa Marco. Para decidir qué nombre debía tener, se hizo una encuesta de ámbito europeo y se escogió Horizon 2020. Para lo que no tuvieron que hacer una encuesta fué para decidir cuál debería ser la palabra clave para este nuevo programa y la palabra es innovation. Sí, que todo el mundo lo sepa, la palabra a utilizar es innovación. En Europa lo tienen claro, no es sostenible financiar investigación que no pueda llegar de manera muy directa al sector productivo. Volvemos a oir que la investigación debe ser el motor económico y si Europa tiene buenos investigadores, esto debe tener consecuencia directa en la mejora de la competitividad de sus industrias.

A nivel estatal, de una manera más modesta, también hay cada vez más iniciativas que buscan que centros de investigación y empresas presenten proyectos comunes, que aseguren un nuevo producto para la empresa o una mejora en un proceso o el desarrollo de una tecnología. Esto está haciendo que cada vez tengan más relevancia los llamados centros tecnológicos, entidades sectoriales que fueron creadas para dar respuestas de investigación y desarrollo en empresas que, por dimensiones, autónomamente no podían hacer investigación. Un ejemplo de centros tecnológicos sería leitat o ascamm, entre otros (podéis encontrar más información en www.actec.cat).

Por último, también quería destacar otra tendencia: la innovación en los hospitales. Cada vez más se están acercando a los hospitales diferentes actores (centros tecnológicos, empresas e inversores) interesados ​​en recoger necesidades, problemas y posibles soluciones en las actividades realizadas en los hospitales. Muchos hospitales ya cuentan con su propio director de innovación. No estamos hablando sólo de los ya famosos medical Device, sino también de mejora de procesos que optimicen recursos. El entorno hospitalario es el ideal para personas con inquietudes, independientemente de su perfil (innovar puede innovar desde el jefe de servicio hasta el celador), ya que ante un problema que detectan en su día a día, pueden imaginar posibles soluciones. La buena noticia es que ahora se están poniendo al alcance más herramientas que permitan hacer tangibles estas soluciones, siempre que sean económicamente beneficiosas.

Como conclusión, diria que las tendencias no son en sí buenas ni malas, son lo que son, pero es importante conocerlas para, a ser possible, aprovecharlas.

Marta López es la responsable del servicio de recerca del IMIM (Instituto de Investigación Hospital del Mar)

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Publicado por Heinz Himmelbauer

Martes, 22 Noviembre 2011

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Secuenciación exhaustiva del genoma

La tradicional secuenciación de ADN, concebida por el doble ganador del premio Nobel Frederick Sanger en los años setenta, ha sido tremendamente exitosa desde hace 25 años. A pesar de su coste, muchos genomas, incluyendo el humano, se han secuenciado utilizando el método de Sanger. Pero el método tiene sus limitaciones, por ejemplo, sólo se pueden secuenciar 384 fragmentos de ADN a la vez.

En los últimos seis años, han surgido las llamadas tecnologías de deep sequencing, o secuenciación exhaustiva, que, con un coste bajo, permiten secuenciar un gran número de fragmentos de ADN-hasta 1.000 millones-a la vez.

El genoma humano tiene unos 3 mil millones pares de bases o “letras”. Como las moléculas de ADN son muy largas, el primer paso en secuenciarlas es utilizar métodos físicos para fragmentar en trozos de unos 500 pares de bases. Estos fragmentos son procesados ​​después de forma diferente según la plataforma que se usará para determinar su secuencia. En el caso de la secuenciación Solexa / Illumina, el ADN se introduce en un portaobjetos de vidrio de 3 x 7,5 cm en el que pueden ser secuenciados a la vez hasta un billón de fragmentos de ADN. Una vez obtenida la secuencia, los fragmentos deben ser reorganizados para reconstruir la molécula original.

La reconstrucción de la secuencia del genoma humano tardó años en hacerse usando tecnologías tradicionales y a un coste de más de tres mil millones de dólares. Gracias a estas nuevas tecnologías, ahora se puede hacer en menos de un mes, a un coste de unos 10.000 dólares. En consecuencia, muchas preguntas científicas cada vez más a menudo son resueltas utilizando este nuevo tipo de secuenciación.

El PRBB, la secuenciación exhaustiva se ha ofrecido como un servicio desde el año 2008. Está equipada con cuatro aparatos de secuenciación con un coste de entre medio millón y un millón de euros cada uno.

Este artículo fué publicado en la El.lipse, la publicación que se realiza en el PRBB con la colaboración de todos los centros que lo conforman.

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Publicado por Marta Calsina

Lunes, 3 Octubre 2011

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¡Extrae tu propio ADN!

Con un sencillo experimento y algunas instrucciones os invitamos a extraer vuestro propio ADN. Este es uno de los diferentes experimentos que se pudieron realizar durante la Jornada de Puertas Abiertas del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB) y que os hacemos extensivo por si lo queréis probar de hacer con vuestros compañeros.

¿Qué necesitas?:

15 ml de agua salada (1 cucharada sopera de sal / 500 ml de agua potable), 1 tubo de plástico o un vaso de vidrio, jabón transparente, 15 ml de etanol de 96% y 1 palillo.

Qué debes hacer:

1. Poner 15 ml de agua salada en el tubo de plástico.
2. Raspar el interior de la boca con un palillo.
3. Poner toda el agua salada del tubo en la boca. Sin tragaros el agua hacer gárgaras y remover el agua bien por toda la boca durante un rato. Escupir el agua de nuevo al tubo.
4. Sumergir un palillo largo en la gota de jabón de manos y remover suavemente en el tubo. Para que se forme menos espuma en el tubo, lo mejor es remover sólo dos o tres veces.
5. Utilizar el cuentagotas para sacar el etanol por la pared interior del tubo. Intentad añadir el etanol con mucha suavidad, para que el agua y el etanol no se mezclen.
6. El objetivo es que el etanol forme una capa separada en la superficie del agua. Mantener el vaso en un ángulo de 20 grados mientras lo haces te ayudará.
7. Mira cómo filamentos de ADN se juntan en el etanol. Los filamentos se unen y forman una especie de redes de ADN. Míralo bien, es una parte de ti que no ves nunca!
8. Si el líquido está muy turbio, prueba a hacer el experimento de nuevo añadiendo el alcohol más lentamente.

¿Qué ha pasado?

Las células de la piel dentro de tu boca han sido fácilmente extraídas al hacer gárgaras. Se ha utilizado agua salada para que imite los fluidos salados dentro de nuestros cuerpos. Nuestras células están protegidas por unas “paredes” que son en realidad una capa de grasa llamada membrana, pero cuando se añade una gota de detergente se rompe la membrana celular y el ADN se libera en el agua. Cuando se añade el alcohol los filamentos de ADN migran gradualmente hacia este y se unen a otros filamentos de ADN. Cuantos más y más filamentos se peguen, el ADN se irá haciendo más visible a simple vista. ¿No es sorprendente que estas diminutas moléculas tengan toda la información que hacen que usted sea único?.



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